Durante a primeira metade do século XVII a Ordem de São Bento estava em expansão no Brasil. Santos era a principal saída da região e seria conveniente que a Ordem aqui se estabelecesse, servindo o Mosteiro de moradia para os monges, e de hospedaria para sacerdotes que estavam de passagem.

Em 1650, Isabel Barbosa, nora de Mestre Bartolomeu, que foi o primeiro sesmeiro da área, doou a ermida e as terras dos arredores à Ordem de São Bento para que se construísse o Mosteiro. Ressaltando que nesta doação havia algumas condições, dentre estas as principais eram: a exigência do sepultamento dos membros da família e a realização de missas em agradecimento em nome da família.

A região era propícia para a construção de um mosteiro beneditino, considerando que uma das características da Regra de São Bento é a vida monástica. Portanto, o antigo Morro do Desterro era afastado do centro urbano da Vila de Santos, além da vantagem de se ter um ribeirão (atualmente canalizado).

A técnica construtiva é em concreto ciclópico, característica de áreas litorâneas, composta por rochas, conchas e óleo de baleia, algumas paredes atingem até 1 metro de espessura

A maior parte do Mosteiro era utilizada como residência pelos monges beneditinos, sendo que a outra era hospedaria para sacerdotes que estavam de passagem. Majoritariamente desciam no porto, repousavam no Mosteiro para posteriormente partirem rumo ao planalto.

Ocorreram várias modificações estruturais e arquitetônicas na edificação, sendo que as características atuais datam de 1725. O Mosteiro é um dos únicos exemplares do estilo barroco de Santos.

As dependências do prédio também foram utilizadas, entre os anos de 1873 a 1874 e em 1889, como enfermaria para abrigar os doentes provindos da Santa Casa, devido as epidemias da época.

A década de 1940 é marcada pelo fim das atividades do mosteiro de Santos, devido o advento da II Guerra Mundial. Os monges foram expulsos do Mosteiro, pois eram alemães, e continuaram suas atividades onde hoje é o Mosteiro de São Bento de Vinhedo.

Entre os anos de 1958 a 1968, o prédio abrigou o Instituto São Vladimir, um internato que abrigava jovens refugiados russos, onde eram realizadas atividades em prol da preservação da cultura russa, como dança, música, história e idioma.

Com a transferência do Instituto São Vladimir para a cidade de São Paulo, iniciaram-se os planos para a criação do Museu de Arte Sacra.

Referência: ANDRADE, Wilma Therezinha Fernandes de. A vila e a fé: Santos e a Ordem de São Bento do Século XVI ao XVIII. 1980. 378f. Dissertação (Mestrado em História Social) – Faculdade de Filosofia, Letras e Ciências Humanas, USP, São Paulo, 1980. Via http://mass.org.br/